Die Organisation des Gesundheitsstandorts findet auf insgesamt drei verschiedenen Ebenen statt. Während im Kollektiv Engagierte zusammenkommen, die Ideen und Konzepte für mehr Gemeinwohl besprechen und definieren, bildet der Verein die rechtliche Grundlage für das Handeln des Geko. Dieser ist zum Beispiel dafür zuständig, Fördermittel zu akquirieren. Das Zentrum als dritte Organisationsstruktur wiederum umfasst die eigentliche, sichtbare Arbeit der vor Ort und im Kiez Tätigen. Hierunter fallen sämtliche Angebote und Dienstleistungen, die das Geko für und gemeinsam mit den Menschen anbietet.
Das Besondere am Neuköllner Standort ist die enge Verzahnung von Gesundheit, Stadtteilarbeit und Nachbarschaft. Dabei nimmt das Geko nicht allein den Menschen, sondern ebenso dessen Wohnumfeld, Arbeit und Umwelt in den Blickpunkt. Probleme bzw. Anliegen werden demnach nicht einzeln betrachtet, sondern es werden sämtliche Einflussfaktoren berücksichtigt, die sich positiv wie negativ auf den Lebensumstand und das Wohlbefinden eines jeden auswirken können. Dieses Verständnis zeigt sich auch in der Vielfalt der Angebote. So vereint das Gesundheitszentrum eine allgemeinmedizinische und eine kindermedizinische Praxis, ein Café, diverse Sportangebote, Kiez- und Nachbarschaftsprojekte etc. Überdies betreibt das Geko aufsuchende Arbeit, bei der das Team gezielt in Neukölln unterwegs ist und z. B. Kinder bei der Einbindung in Sport- und Freizeitvereine unterstützt. Möglich ist dies durch den multiprofessionellen Ansatz, den die Mitarbeitenden des Geko verfolgen. Der Zusammenschluss verschiedener Gesundheitsberufe erlaubt dabei eine umfassende, koordinierte und patientenorientierte Betreuung sowie Beratung. Durch die multikulturelle Zusammensetzung des Teams können überdies Angebote und Dienstleistungen mehrsprachig angeboten werden, wodurch möglichst viele Leute niedrigschwellig erreicht werden.
